Отдел первый
1. Отчет о состоянии университета за 1889 год /3-71/
2. Журналы заседаний Совета Императорского Томского университета за 1889 г. /1-93/
3. Программы и обозрение преподавания в Императорском Томском университете за 1889-1890 и 1890-1891 год /1-38/
Отдел второй
4. Кащенко Н.Ф. Задачи зоологии в Сибири. Речь, приготовленная для произнесения на университетском акте 1890 года /1-22/
Труды Томского общества естествоиспытателей
5. Протокол заседаний 4 ноября и 2 декабря 1889 года /1-15/
6. Флоринский В.М. Двадцать три человеческих черепа Томского археологического музея /16-46/
7. Державин А. Геологический разрез берегов р. Томи от Кузнецка до Томска. С рисунками /47-59/
8. Протокол заседаний 3 января 1890 года /61-63/
9. Флоринский В.М. Памяти проф. С.П. Боткина /64-70/
10. Малиев П. Перемещение и неправильный ход правой подключичной артерии. С рисунками. /71-75/
11. Словцов П.Я. Материалы о распределении курганов и городищ в Тобольской губернии /76-97/
12. Флоринский В.М. Заметки об инфлюнце /98-106/
13. Чугунов С. О натуральной мумии, найденной в г. Томске /107-122/
14. кузнецов С.К. Отчет об археологических разысканиях в окрестностях г. Томска, произведенных летом 1889 года. С планом и рисунками /123-200/
15. Протоколы заседаний 17 февраля и 7 мая 1890 года /201-216/
16. Державин А. Геологические наблюдения по линии Томско-Барнаульского и Барнаульско-Кузнецкого трактов /217-226/
17. Горст М. Анализ жировоска, найденного в Томской почве /227-236/
18. Катанов Н.Ф. Бубен и колотушка шамана, по описанию Минусинских татар /237-239/
19. Березнецкий И.И. Доклад о случаях эпидемической инфлюэнцы, по наблюдениям Томских врачей, во вторую половину 1889 года /240-242/
20. Родзевич Г.И. Каменная болезнь в Сибири /243-249/
21. Флоринский В.М. Общий взгляд на природу и ее силы /250-271/
22. Отчет за истекший 1889-90 г. и список членов /272-278/